本能寺由日隆圣人创建于应永22年（1415年），寺院原名“本应寺”，最初寺址位于油小路高辻和五条坊门之间。这里是法华宗（本门流）的大本山。

　织田信长是一代乱世枭雄。据说他作为武将，志向是“天下布武”，希望依靠武力统一乱世。
　据传，信长决定居住在本能寺，最重要的原因是为了确保获得“铁炮”。宽政三年（1462年）开始，本能寺在南方的种子岛传播宗教，并在种子岛等地修建了多处法华宗寺院。信长借助这些寺院获得铁炮，依靠铁炮队战术，开始成为结束乱世的统治者，势力逐渐壮大。

　天正十年（1582年），信长命令丰臣秀吉攻打毛利，自己则寄宿在本能寺，身边仅有数十名随从。此后，信长又命令明智光秀的军队援助秀吉。但光秀6月1日却从居住的龟冈城出发，撑起9面淡蓝色桔梗图案的旗帜，率领10700余名士兵，当天夜里途径老之坂，昭告全军“我们的敌人其实就在本能寺”，继而向京都进发。军队渡过桂川，破晓时分，伴随隆隆的军鼓声，攻入本能寺。 在光秀万人大军的进攻下，信长点燃寺院本堂，引颈自尽。本能寺大殿也被焚毁，信长一统全国的雄图大志，瞬间化为乌有。

　本能寺之变发生后，在丰臣秀吉城市规划的基础上，本能寺于1587年迁至现所在地。
原址据此1.2km，位于西南方向的油小路蛸药师，现成为了堀川高中及老年人福祉设施的所在地，并建起了石碑。